化学药物都具有一定的化学结构，化学结构确定后，它的相关性质也跟着确定，其中某些相似化学结构相似的药物，在药理作用上还具有一定的相似性。研究化学药物的化学结构有助于我们理解化学结构与药理作用的关系。
药物在体内会发生吸收、分布、代谢、排泄等过程。其中代谢过程，又称作是生物转化，是指药物在体内转化的过程，体内能使药物发生代谢的主要器官是肝脏，代谢主要分两个时相进行，I相反应包括：氧化、还原、水解。II相反应包括为结合反应。
药物结合反应是在酶的催化下，将内源性的极性小分子如葡萄糖醛酸、硫酸盐、氨基酸、谷胱甘肽与药物分子中或第I相的药物代谢产物结合，结合使药物失去活性，对于大部分药物而言，都是极性增大，有利于代谢产物从尿和胆汁中排泄。药物或其代谢物中被结合的基团通常是羟基、氨基、羧基、杂环氮原子及巯基。
1.与葡萄糖醛酸的结合反应：药物代谢中最普遍的结合反应是与葡萄糖醛酸的结合反应，生成的结合产物含有可离解的羧基和多个羟基，而这类代谢产物的特点是：无生物活性、由于极性增大，易溶于水和排出体外。
2.与硫酸的结合反应：药物及代谢物可通过形成硫酸酯的结合反应而代谢，但是在体内的发生普遍率不如葡萄糖醛酸苷化。形成硫酸酯的结合产物后，产物的极性增加，毒性降低，易排出体外。参与硫酸酯化结合过程的基团主要有羟基、氨基、羟氨基。
3.与氨基酸的结合反应：体内许多羧酸类药物和代谢物都会与氨基酸发生反应。参与结合反应的羧酸例如：芳香羧酸、芳乙酸、杂环羧酸以及氨基酸，氨基酸中主要是指以甘氨酸的结合反应。
4.与谷胱甘肽的结合反应：酰卤是羧酸中的羟基被卤素原子取代后形成的化合物，可以分为酰氟、酰氯、酰溴、酰碘。其中酰氯是最常用的酰卤，也是最常用的酰化剂。谷胱甘肽谷胱甘肽和酰卤的发生结合反应，这也是是体内解毒的反应。当多卤代烃在体内代谢会生成酰卤或光气时，这些产物会对体内生物大分子进行酰化，酰化后的生物大分子失去原本活性。谷胱甘肽通过和酰卤代谢物反应后生成酰化谷胱甘肽，防止酰卤与生物大分子结合，减少对人体的毒害。
5.乙酰化结合反应：乙酰化反应是含伯氨基(包括脂肪胺和芳香胺)、氨基酸、磺酰胺、肼和酰肼等基团药物或代谢物的一条重要的代谢途径，这一类的药物代谢反应与前面四种都不相同，前面四类都是生成极性大的产物，而乙酰化反应是将体内亲水性的氨基结合形成极性小的酰胺，一般是体内外来物的去活化反应。
6.甲基化结合反应：甲基化反应在药物反应中，是较为少见的代谢途径，但是对一些内源性物质如肾上腺素、褪黑激素等主要是去甲基化的结合反应。
药物的化学结构与II相结合反应密切相关，把握好化学结构，有利于了解药物的代谢路径，提高对药物的认识
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